Původní palírna jména Clynelish [klajnlíš] byla založena již v roce 1819 a produkovala výhradně single malt whisky. Historie palírny Clynelish je více než těsně provázána s nedaleko stojící palírnou Brora. Provoz palírny byl však ve druhé polovině 20. století utlumen, kdysi slavné jméno prodáno Scotish Malt Destillers, až byla v roce 1983 původní palírna definitivně zavřena. Za zmínku stojí, že poslední ředitel Bob Robertson se již dlouhá léta marně snaží o obnovu této historické palírny a vzhledem k tomu, že cena kvalitní whisky roste, budova palírny stále ještě stojí a kotle i ostatní zařízení jsou též stále na svém místě, nemusí být jeho snaha navždy marná. Současná palírna Clynelish jak ji známe dnes byla vlastně vybudována v roce 1967 a do provozu uvedena v roce1969., využívající již tehdy tradiční značku Clynelish ( původní palírně se v té době začalo říkat Brora, dle městečka v němž se obě plaríny nachází). Paradoxně mezi lety 1969 a 1973 byla znovuotevřena i původní palírna, což vedlo z pohledu zákazníka k poněkud matoucí situaci, od roku 1983 je tato stará palírna mimo provoz (pravděpodobně natrvalo). Nová palírna Clynelish je třikrát větší než původní a kopíruje palírnu Caol Ila (obě patří společnosti United Distillers). Pouhé 1% produkce se stáčí jako single malt, zbytek se používá do míchané whisky Johnnie Walker Black Label. Clynelish si brzy vydobila skvělou pověst.

Whisky z této palírny často porovnávána s whisky, kterou dříve vyráběli ve vedle stojící palírně. Tím že je palírna celkem nová, je moderně vybavená. Je v ní 12 destilačních aparatur a vodu bere z Clynemilton Burn. Majitelem palírny je United Distillers a licenci mají Ainslie & Heilbron.

Vyrábí se převážně jako 12-ti, 14-ti a 22 letá whisky, v sérii Flora & Fauna byla prezentována 12-ti letá a z tradice se také vyrábí jako 18-ti letá pod názvem Brora. Clynelish má téměř ostrovní charakter. V palírně se používá středně silný rašelinový slad ( Starší palírna používala mimořádně silný rašelinový slad ). Odborníci však říkají, že nedosahuje kvalit whisky z původní palírny Clynelish. Whisky je známá jako nerašelinná, naplněná tóny dužnatého ovoce. Clynelish si brzy vydobila skvělou pověst. Její whisky byla k dostání jak jednosladová, tak i se přidávala do směsí (John Walker) Clynelish má silné spojení s pravděpodobně nejznámější blended whisky současnosti Johnnie Walker. Nezanedbatelná podíl destilátu používaného k výrobě slavné blended Johnnie Walker Gold Label Reserve totiž pochází právě z produkce této palírny, skryté na severovýchodním pobřeží Highlands.